Ωστόσο, ενώ επέβλεπε την , ο πρώην πρόεδρος κατηγορήθηκε ότι προσπάθησε να εμποδίσει την αποχώρηση του Ηνωμένου Βασιλείου από την .
Ο κ. Bercow, ο οποίος ψήφισε το Remain στο δημοψήφισμα του 2016 για το Brexit και άλλαξε την υποταγή του από το προηγούμενο έτος, έχει υποστηρίξει ότι ήταν αμερόληπτος καθ' όλη τη διάρκεια.
Κατά την ανακοίνωση της παραίτησής του, είπε: «Καθόλη τη διάρκεια της θητείας μου ως Πρόεδρος, προσπάθησα να αυξήσω τη σχετική εξουσία αυτού του νομοθετικού σώματος για το οποίο δεν θα απολογηθώ σε κανέναν, οπουδήποτε και ανά πάσα στιγμή».
Ωστόσο, σε τουλάχιστον πέντε διαφορετικές περιπτώσεις, ο Πρόεδρος φάνηκε να επιδιώκει να εμποδίσει ή να καθυστερήσει τη διαδικασία του Brexit.
Στις 10 Δεκεμβρίου 2018, κάλεσε την κυβέρνηση να δώσει στους βουλευτές τη δυνατότητα να επιλέξουν εάν μια βασική ψηφοφορία για το Brexit θα έπρεπε να είχε ακυρωθεί.
ΤΖΑΣΤΙΝ:
Η τότε πρωθυπουργός Τερέζα Μέι είχε «αναβάλει» την ψηφοφορία στα Κοινά για τη συμφωνία της για το Brexit για να αφήσει στον εαυτό της περισσότερο χρόνο για να διαπραγματευτεί με τους ηγέτες της ΕΕ.
Ο κ. Bercow είχε ζητήσει από την κυβέρνηση να δώσει στους βουλευτές ψηφοφορία για να αποφασίσουν εάν η ψηφοφορία θα διεξαχθεί ή όχι.
Ωστόσο, το αίτημά του απορρίφθηκε από την Downing Street και χαρακτήρισε την κατάσταση «λυπηρή».
Λιγότερο από ένα μήνα αργότερα, στις 15 Ιανουαρίου 2019, ο κ. Bercow κλείδωσε και πάλι τα κόρνα με την κυβέρνηση της κυρίας Μέι όταν δεν επέτρεψε την ψηφοφορία για μια τροποποίηση στη συμφωνία της για το Brexit.
Τότε, η πρωθυπουργός πάλευε να ξεπεράσει το αδιέξοδο στις συνομιλίες της με τους ηγέτες της ΕΕ.
Μια τροπολογία που κατατέθηκε από τον πρώην υπουργό της Βόρειας Ιρλανδίας Andrew Murrison θα είχε ως αποτέλεσμα το backstop των ιρλανδικών συνόρων – ένα μέτρο που αποσκοπεί στην αποφυγή σκληρών συνόρων στο νησί της Ιρλανδίας – λήγει στα τέλη του 2021.
Ωστόσο, η τροπολογία, η οποία είχε την υποστήριξη των βουλευτών και θα μπορούσε να περιορίσει την έκταση των ηττών της κυρίας May, δεν επελέγη από τον κ. Bercow για ψήφιση.
Στις 19 Μαρτίου 2019, ο Πρόεδρος συγκρούστηκε ξανά με την κυρία Μέι καθώς της είπε ότι δεν μπορούσε να έχει τρίτη ψηφοφορία για «ουσιαστικά την ίδια» πρόταση που οι βουλευτές είχαν καταψηφίσει για δεύτερη φορά μόλις την προηγούμενη εβδομάδα.
Αναφέρθηκε σε ένα κοινοβουλευτικό συνέδριο που χρονολογείται από το 1604, καθώς είπε στον ταλαιπωρημένο Πρωθυπουργό ότι δεν μπορούσε να επαναφέρει τη συμφωνία αποχώρησης για ψηφοφορία στα Κοινά ξανά με την ίδια μορφή.
Η παρέμβαση του κ. Μπέρκοου ήταν ιδιαίτερα αμφιλεγόμενη εκείνη την εποχή, καθώς έγινε μόλις 11 ημέρες πριν η Βρετανία επρόκειτο να αποχωρήσει από την ΕΕ και ορισμένοι υπουργοί προειδοποίησαν για «συνταγματική κρίση».
Μήνες αργότερα, η Μέι παραιτήθηκε αφού δεν κατάφερε να πείσει τους βουλευτές να στηρίξουν τη συμφωνία της για το Brexit και αργότερα αντικαταστάθηκε από τον Μπόρις Τζόνσον.
Ωστόσο, η ατζέντα του για το Brexit εκτροχιάστηκε επίσης από τον κ. Μπέρκοου, ο οποίος επέτρεψε στους βουλευτές να ψηφίσουν αν θα πάρουν τον έλεγχο του χρονοδιαγράμματος των Κοινοτήτων τον Σεπτέμβριο του 2019.
Οι βουλευτές ψήφισαν υπέρ της κατάληψης της ατζέντας των Κοινοτήτων σε μια προσπάθεια να αποτραπεί ο κ. Τζόνσον να επιδιώξει ένα Brexit χωρίς συμφωνία.
Σε απάντηση, ο κ. Τζόνσον προκήρυξε πρόωρες γενικές εκλογές, τις οποίες κέρδισαν οι Συντηρητικοί με συντριπτική πλειοψηφία 80 εδρών.
Ο Πρόεδρος πυροδότησε επίσης οργή τον Οκτώβριο του 2019 όταν αρνήθηκε το αίτημα της κυβέρνησης για ψηφοφορία «ναι» ή «όχι» σχετικά με τη συμφωνία αποχώρησης του κ. Τζόνσον.
Ο κ. Μπέρκοου είπε ότι θα ήταν «επαναληπτικό και άτακτο» να τεθεί ξανά η συμφωνία ενώπιον των βουλευτών αφού μόλις είχε συζητηθεί.
Η Ντάουνινγκ Στριτ ήθελε να διεξαγάγει μια λεγόμενη «ψηφοφορία με νόημα» για τη συμφωνία, αλλά οι βουλευτές αντ' αυτού ψήφισαν υπέρ μιας τροπολογίας, η οποία έλεγε ότι αυτό δεν θα μπορούσε να συμβεί έως ότου ψηφιστεί η απαραίτητη νομοθεσία.